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| Registros recuperados : 180 | |
| 161. |  | GOMIDE, R. L.; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; VIANA, J. H. M.; ANDRADE, C. de L. T. de; GUIMARAES, C. M.; BASTOS, E. A.; DURAES, F. O. M.; MORGADO, L. B. Contrasting environment targets characteristics: development of the drought phenotyping network. In: WORKSHOP SUPPORTING EMERGENCE OR REFERENCE DROUGHT TOLERANCE PHENOTYPING CENTERS - DROUGHT PHENOTYPING NETWORK, 2008, Sete Lagoas. Proceedings... Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2008. p. 4-8.| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 162. | | GOMIDE, R. L.; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; VIANA, J. H. M.; ANDRADE, C. de L. T. de; GUIMARÃES, C. M.; BASTOS, E. A.; DURÃES, F. O. M.; MORGADO, L. B. Contrasting environment targets characteristics: development of the drought phenotyping network. In: WORKSHOP SUPPORTING EMERGENCE OR REFERENCE DROUGHT TOLERANCE PHENOTYPING CENTERS - DROUGHT PHENOTYPING NETWORK, 2008, Sete Lagoas. Proceedings... Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2008. p. 4-8.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| 163. | | TEIXEIRA, F. F.; GOMIDE, R. L.; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; ANDRADE, C. L. T. de; LEITE, C. E. P.; PARENTONI, S. N.; GUIMARAES, P. E.; GUIMARAES, L. J. M.; SILVA, A. R. da; CARDOSO, M. J. Desempenho de acessos da coleção núcleo de milho quanto a tolerância à seca. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 27.; SIMPOSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO, SPODOPTERA FRUGIPERDA, 3.; WORKSHOP SOBRE MANEJO E ETIOLOGIA DA MANCHA BRANCA DO MILHO, 2008, Londrina. Agroenergia, produção de alimentos e mudanças climáticas: desafios para milho e sorgo: trabalhos e palestras. [Londrina]: IAPAR; [Sete Lagoas]: Embrapa Milho e Sorgo, 2008. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 164. | | TEIXEIRA, F. F.; GOMIDE, R L.; ALBUQUERQUE, P. E. P.; ANDRADE, C. L. T.; LEITE, C. E. P.; PARENTONI, S. N.; GUIMARAES, P. E. P.; GUIMARAES, L. J. M.; SILVA, A. R; CARDOSO, M. J. Desempenho de acessos da coleção núcleo de milho quanto a tolerância à seca. In: CONGRESSO NACIONAL DE MILHO E SORGO, 27.; SIMPOSIO BRASILEIRO SOBRE A LAGARTA-DO-CARTUCHO , SPODOPTERA FRUGIPERDA, 3.; WORKSHOP SOBRE MANEJO E ETIOLOGIA DA MANCHA BRANCA DO MILHO, 2008, Londrina. Agroenergia, produção de alimentos e mudanças climáticas: desafios para milho e sorgo - Resumos. [Londrina]: IAPAR; [Sete Lagoas]: Embrapa Milho e Sorgo, 2008. p. 563| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 166. | | CARVALHO, L. J. C. B.; GOMIDE, R. L.; URBEN FILHO, G.; LUCHIARI JUNIOR, A.; WARNER, T. J.; FREITA JUNIOR, E. de; WADA, M.; NASSER, L. C. B.; SOUSA, D. M. G. de. Fisiologia de deficit hidrico em soja e trigo. Planaltina, DF: EMBRAPA-CPAC, 1984. 3 p. (EMBRAPA-CPAC. Pesquisa em Andamento, 17). Elias de Freitas Junior.| Biblioteca(s): Embrapa Cerrados. |
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| 167. | | CARVALHO, L. J. C. B.; GOMIDE, R. L.; URBEN FILHO, G.; LUCHIARI JUNIOR, A.; WARNER, T. J.; FREITA JUNIOR, E. de; WADA, M.; NASSER, L. C. B.; SOUZA, D. M. G. de. Fisiologia de déficit hídrico em soja e trigo. Planaltina, DF: EMBRAPA-CPAC, 1984. 3 p. (EMBRAPA-CPAC. Pesquisa em Andamento, 17).| Biblioteca(s): Embrapa Agrobiologia; Embrapa Amazônia Ocidental; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Trigo; Embrapa Unidades Centrais. |
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| 168. | | ANDRADE, C. D. L. T. D.; AMARAL, T. A.; SILVA, D. F.; GARCIA, A. G.; HOOGENBOOM, G.; BRITO, R. A. L.; BORGES JÚNIOR, J. C. F.; GOMIDE, R. L. Utilização do modelo Ceres-Maize como ferramenta na definição de estratégias de semeadura de milho: 3-requerimento e produtividade da água. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 16., 2009, Belo Horizonte. Mudanças climáticas, recursos hídricos e energia para uma agricultura sustentável: [trabalhos apresentados.]. Viçosa, MG: UFV; Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2009. 1 CD-ROM.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 169. | | ANDRADE, C. de L. T. D.; AMARAL, T. A.; SILVA, D. F.; GARCIA, A. G.; HOOGENBOOM, G.; BRITO, R. A. L.; BORGES JÚNIOR, J. C. F.; GOMIDE, R. L. Utilização do modelo Ceres-Maize como ferramenta na definição de estratégias de semeadura de milho: 3-requerimento e produtividade da água. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE AGROMETEOROLOGIA, 16., 2009, Belo Horizonte. Mudanças climáticas, recursos hídricos e energia para uma agricultura sustentável: resumos. Belo Horizonte: SBA; Viçosa, MG: UFV; Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2009. p. 137.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 170. | | BENASSI, A. C.; FULLIN, E. A.; SILVA, J. G. F. da; ZANGRANDE, M. B.; FERRAO, R. G.; MARTINS, D. dos S.; VENTURA, J. A.; RESENDE, J. C.; DURAES, F. D. M.; SILVA, J. B. da; GOMIDE, R. L.; MAGALHAES, P. C. Manual técnico para a cultura do milho no Estado do Espírito Santo. Vitória: EMCAPA, 1996. 168p. (EMCAPA. Documentos, 77).| Biblioteca(s): Embrapa Tabuleiros Costeiros. |
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| 171. | | GOMIDE, R. L.; DURAES, F. O. M.; GUIMARAES, C. M.; ANDRADE, C. de L. T.; ALBUQUERQUE, P. E. P.; BASTOS, E. A.; VIANA, J. H. M.; STONE, L. F.; MORAIS, O. P.; DEL PELOSO, M. J.; MAGALHAES, P. C.; MORGADO, L. B.; OLIVEIRA, A. C. Drought tolerance phenotyping in crops under contrasting target environments: procedures and practices. In: MONNEVEUX, P.; RIBAUT, J.-M. (Ed.). Drought phenotyping in crops: from theory to practice. Mexico, DF: CGIAR: CIMMYT, 2011. pt. 1, p. 51-91.| Biblioteca(s): Embrapa Arroz e Feijão; Embrapa Meio-Norte; Embrapa Milho e Sorgo; Embrapa Semiárido. |
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| 172. | | MAGALHAES, J. V. de; PASTINA, M. M.; GAZAFFI, R.; MENEZES, C. B. de; ROSA, J. R. B. F.; GUIMARAES, C. T.; TARDIN, F. D.; SCHAFFERT, R. E.; GOMIDE, R. L.; ANDRADE, C. de L. T. de; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; BASTOS, E. A.; CARDOSO, M. J. Escaneamento genômico para tolerância à seca em sorgo. Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2016. 22 p. (Embrapa Milho e Sorgo. Boletim de Pesquisa e Desenvolvimento, 152).| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 173. | | TEIXEIRA, F. F.; GOMIDE, R. L.; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; ANDRADE, C. de L. T. D.; LEITE, C. E. do P.; PARENTONI, S. N.; GUIMARAES, P. E. de O.; GUIMARÃES, L. J. M.; SILVA, A. R. da; CARDOSO, M. J.; BASTOS, E. A. Desempenho de acessos do banco ativo de germoplasma de milho (BAGMILHO) quanto a tolerância à seca. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Guarapari. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 4 p. 1 CD-ROM. (Incaper. Documentos, 11).| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 174. | | TEIXEIRA, F. F.; GOMIDE, R. L.; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; ANDRADE, C. de L. T. D.; LEITE, C. E. do P.; PARENTONI, S. N.; GUIMARAES, P. E. de O.; GUIMARAES, L. J. M.; SILVA, A. R. da; CARDOSO, M. J.; BASTOS, E. A. Desempenho de acessos do banco ativo de germoplasma de milho (BAGMILHO) quanto a tolerância à seca. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE MELHORAMENTO DE PLANTAS, 5., 2009, Vitória. O melhoramento e os novos cenários da agricultura: anais. Vitória: Incaper, 2009. 1 CD-ROM. (Incaper. Documentos, 11).| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 175. | | TEIXEIRA, F. F.; GOMIDE, R. L.; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; ANDRADE, C. de L. T. de; LEITE, C. E. P.; PARENTONI, S. N.; GUIMARAES, P. E. de O.; GUIMARAES, L. J. M.; SILVA, A. R.; BASTOS, E. A.; CARDOSO, M. J. Evaluation of maize core collection for drought tolerance. Crop Breeding and Applied Biotechnology, Londrina, v. 10, n. 4, p. 312-320, 2010.| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 176. | | SABADIN, P. K.; MALOSETTI, M.; BOER, M. P.; TARDIN, F. D.; SANTOS, F. G.; GUIMARAES, C. T.; GOMIDE, R. L.; ANDRADE, C. L. T.; ALBUQUERQUE, P. E. P.; CANIATO, F. F.; MOLLINARI, M.; MARGARIDO, G. R. A.; OLIVEIRA, B. F.; SCHAFFERT, R. E.; GARCIA, A. A. F.; EEUWIJK, F. A. van; MAGALHAES, J. V. Studying the genetic basis of drought tolerance in sorghum by managed stress trials and adjustments for phenological and plant height differences. Theoretical and Applied Genetics, Berlin, v. 124, p. 1389-1402, 2012.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 177. | | CASARI, R. A. C. N.; PAIVA, D. S.; SILVA, V. N. B.; FERREIRA, T. M. M.; SOUZA JUNIOR, M. T.; OLIVEIRA, N. G.; KOBAYASHI, A. K.; MOLINARI, H. B. C.; SANTOS, T. T.; GOMIDE, R. L.; MAGALHÃES, P. C.; SOUSA, C. A. F. de. Using thermography to confirm genotypic variation for drought response in maize. International Journal of Molecular Sciences v. 20, n. 9, 2273, May-1, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Agroenergia; Embrapa Meio-Norte. |
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| 178. | | CASARI, R. A.; PAIVA, D. S.; SILVA, V. N. B.; FERREIRA, T. M. M.; SOUZA JUNIOR, M. T.; OLIVEIRA, N. G.; KOBAYASHI, A. K.; MOLINARI, H. B. C.; SANTOS, T. T.; GOMIDE, R. L.; MAGALHAES, P. C.; SOUSA, C. A. F. de. Using thermography to confirm genotypic variation for drought response in maize. International Journal of Molecular Sciences, v. 20, n. 9, article 2273, 2019.| Biblioteca(s): Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 179. | | GAMA, E. E. G. e; SANTOS, F. G. dos; DURAES, F. O. M.; GOMIDE, R. L.; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; BASTOS, E. A.; CARDOSO, M. J.; MORGADO, L. B.; ANDRADE, C. de L. T. de; MAGALHAES, J. V. de; MAGALHAES, C. T.; TARDIN, F. D.; GUIMARAES, L. J. M.; SILVA, A. R. da; MAGALHAES, P. C.; CARNEIRO, N. P.; PARENTONI, S. N.; SCHAFFERT, R. E. Drought tolerance phenotyping in maize and sorghum: preliminary, intermediate and advanced evaluations. In: WORKSHOP SUPPORTING EMERGENCE OR REFERENCE DROUGHT TOLERANCE PHENOTYPING CENTERS - DROUGHT PHENOTYPING NETWORK, 2008, Sete Lagoas. Proceedings... Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2008. p. 92-120.| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte; Embrapa Milho e Sorgo. |
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| 180. | | GAMA, E. E. G. e; SANTOS, F. G. dos; DURAES, F. O. M.; GOMIDE, R. L.; ALBUQUERQUE, P. E. P. de; BASTOS, E. A.; CARDOSO, M. J.; MORGADO, L. B.; ANDRADE, C. de L. T. de; MAGALHAES, J. V. de; MAGALHAES, C. T.; TARDIN, F. D.; GUIMARAES, L. J. M.; SILVA, A. R. da; MAGALHAES, P. C.; CARNEIRO, N. P.; PARENTONI, S. N.; SCHAFFERT, R. E. Drought tolerance phenotyping in maize and sorghum: preliminary, intermediate and advanced evaluations. In: WORKSHOP SUPPORTING EMERGENCE OR REFERENCE DROUGHT TOLERANCE PHENOTYPING CENTERS - DROUGHT PHENOTYPING NETWORK, 2008, Sete Lagoas. Proceedings... Sete Lagoas: Embrapa Milho e Sorgo, 2008. p. 92-120.| Biblioteca(s): Embrapa Semiárido. |
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| Registros recuperados : 180 | |
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 | Acesso ao texto completo restrito à biblioteca da Embrapa Agricultura Digital. Para informações adicionais entre em contato com cnptia.biblioteca@embrapa.br. |
Registro Completo
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital; Embrapa Pecuária Sudeste. |
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Data corrente: |
04/11/2022 |
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Data da última atualização: |
07/11/2022 |
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Tipo da produção científica: |
Artigo em Periódico Indexado |
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Circulação/Nível: |
A - 1 |
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Autoria: |
BRUSCADIN, J. J.; CARDOSO, T. F.; DINIZ, W. J. da S.; AFONSO, J.; SOUZA, M. M. de; PETRINI, J.; ANDRADE, B. G. N.; SILVA, V. H. da; FERRAZ, J. B. S.; ZERLOTINI NETO, A.; MOURÃO, G. B.; COUTINHO, L. L.; REGITANO, L. C. de A. |
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Afiliação: |
JENNIFER JESSICA BRUSCADIN, UNIVERSIDADE FEDERAL DE SÃO CARLOS; TAINÃ FIGUEIREDO CARDOSO; WELLISON JARLES DA SILVA DINIZ, AUBURN UNIVERSITY; JULIANA AFONSO; MARCELA MARIA DE SOUZA, IOWA STATE UNIVERSITY; JULIANA PETRINI, AUBURN UNIVERSITY; BRUNO GABRIEL NASCIMENTO ANDRADE, MUNSTER TECHNOLOGICAL UNIVERSITY; VINICIUS HENRIQUE DA SILVA, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; JOSÉ BENTO STERMAN FERRAZ, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; GERSON BARRETO MOURÃO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUIZ LEHMANN COUTINHO, UNIVERSIDADE DE SÃO PAULO; LUCIANA CORREIA DE ALMEIDA REGITANO, CPPSE. |
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Título: |
Allele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine. |
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Ano de publicação: |
2022 |
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Fonte/Imprenta: |
Biochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms, v. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022. |
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DOI: |
https://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886 |
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Idioma: |
Inglês |
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Conteúdo: |
Single nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits. MenosSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulato... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Cis-regulação; Cis-regulation; Data integration; Epigenética; Expressão gênica; Genômica; Integração de dados; Polimorfismos de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Gado. |
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Thesaurus NAL: |
Cattle; Epigenetics; Genomics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
--
G Melhoramento Genético |
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Marc: |
LEADER 03063naa a2200433 a 4500
001 2148053
005 2022-11-07
008 2022 bl uuuu u00u1 u #d
024 7 $ahttps://doi.org/10.1016/j.bbagrm.2022.194886$2DOI
100 1 $aBRUSCADIN, J. J.
245 $aAllele-specific expression reveals functional SNPs affecting muscle-related genes in bovine.$h[electronic resource]
260 $c2022
520 $aSingle nucleotide polymorphisms showing allele-specific expression (ASE SNPs) are useful for cis-regulatory variants discovery. Despite this potential, there are expensive costs involved in genome-level ASE analysis for large sample sizes. If different data resolutions are available, genotype imputation can be used to mitigate this limitation. Aiming to increase the power to detect regulatory variants, we used a large dataset (>4 million) of imputed SNP genotypes and RNA-Seq data from 190 Nelore steers. Differences between major and minor allele expressions in muscle were tested with a Binomial Test. We identified 38,177 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05) within 7304 linkage disequilibrium blocks. After that, we searched for aseQTLs (i.e., neighboring SNPs potentially regulating the ASE SNPs' allelic expression) by comparing the ASE of heterozygous to homozygous sample groups under a Wilcoxon Rank Sum test. We identified 21,543 aseQTLs potentially regulating 430 ASE SNPs (FDR ≤ 0.05). A total of 3333 cis-eQTLs (being 2098 ASE SNPs and 1075 aseQTLs) were associated with the expression of 758 transcripts (FDR ≤ 0.05), demonstrating the cis-regulatory effect of these ASE SNPs and aseQTLs. Data integration showed reproducibility with previous studies in bovine ASE and genomic imprinting. Furthermore, we identified 36,756 novel ASE regions due to the imputation approach. Comparisons with epigenetics data from Functional Annotation of Animal Genomes (FAANG) suggest a regulatory potential of the ASE-related SNPs. The affected genes were enriched in metabolic pathways essential for muscle homeostasis. These findings reinforce the potential of using ASE for discovering cis-regulatory SNPs that may affect muscle-related traits.
650 $aCattle
650 $aEpigenetics
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650 $aSingle nucleotide polymorphism
650 $aGado
653 $aCis-regulação
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653 $aEpigenética
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653 $aPolimorfismos de nucleotídeo único
700 1 $aCARDOSO, T. F.
700 1 $aDINIZ, W. J. da S.
700 1 $aAFONSO, J.
700 1 $aSOUZA, M. M. de
700 1 $aPETRINI, J.
700 1 $aANDRADE, B. G. N.
700 1 $aSILVA, V. H. da
700 1 $aFERRAZ, J. B. S.
700 1 $aZERLOTINI NETO, A.
700 1 $aMOURÃO, G. B.
700 1 $aCOUTINHO, L. L.
700 1 $aREGITANO, L. C. de A.
773 $tBiochimica et Biophysica Acta. Gene Regulatory Mechanisms$gv. 1865, n. 8, 194886, Nov. 2022.
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Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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